Существует большое количество зловредных вирусов, выполняющие разные операции, на которые они были запрограммированы. Например, некоторые вирусы перехватывают пароли и иную личную информацию, которая вводится пользователями сайта. Если вовремя не удалить вирус с сайта, он может стать причиной утраты конфиденциальных данных либо заражения компьютеров пользователей. Определенная категория вирусов на сайтах призвана создавать повышенную нагрузку на сервер, что приводит к его автоматическому отключению или даже выходу из строя.
Вирусы делятся на троянские или шпионские программы, спам-боты, фишинговые сайты, черви и т.д. Наибольшему риску подвержены те сайты, на которых длительное время не производилась обновление CMS-системы. В данном случае, очистка сайта от вирусов, не всегда помогает, так как, злоумышленники зачастую досконально изучают исходный код сайта, обнаруживают в нем уязвимые места, и используют их для внедрения собственных кодов.